Bakteria patogen yang dikesan dalam rembesan swary pharyngeal dianggap sebagai jangkitan pernafasan. Boleh digabungkan dengan ujian lain (fluoroskopi sinar-X, ultrasound B, dll.) Untuk mendiagnosis jangkitan pernafasan. Sekiranya bakteria seperti ragi ditanam, pertimbangkan untuk menggunakan antibiotik dengan tidak betul atau berlebihan semasa jangkitan, dan harus segera berhenti menggunakan antibiotik dan beralih ke ubat antikulat seperti amphotericin B, griseofulvin, clotrimazole, dll.
Patogen biasa adalah:
1. Bakteria gram positif: Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, beta-hemolytic streptococcus, Corynebacterium diphtheriae, Candida, dll.
2. Bakteria gram negatif: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Haemophilus, Moraxella, Branhamella, Pertussis, Enterobacter, Pseudomonas aeruginosa, dan Alcaligenes. Untuk batuk kering.
3. Pertusis Bakteria yang sesuai dapat diasingkan dari kerongkong pesakit difteria
4. Abses hidung faringitis akut kebanyakannya disebabkan oleh S. aureus, hemolytic streptococcus, Pseudomonas aeruginosa
5. Banyak jangkitan faring disebabkan oleh bakteria anaerob